Puhastamisel tuleks aniloksrulli võrgu aukude õrnalt pühkimiseks kasutada spetsiaalseid puhastusvahendeid ja pehmet lappi, et kõvad esemed ei kahjustaks selle õrna struktuuri. Masina korpuse, juhtrööbaste ja servomootori soojuseraldusavade pinnalt tolmu eemaldamine on samuti ülioluline, et tagada sujuv soojuseraldus ja stabiilne mehaaniline liikumine. Määrimishooldus peab rangelt järgima seadme spetsifikatsioone ning juhtrööbastele, laagritele ja muudele komponentidele tuleb regulaarselt lisada ettenähtud määret, et vähendada hõõrdekadusid ja säilitada fleksotrükimasina pikaajaline täpsus. Lisaks aitab pneumaatiliste torustike tihenduse ja elektrikilpide tolmu kogunemise igapäevane kontroll tõhusalt ära hoida ootamatuid rikkeid.

Fleksotrükimasinate süsteemi stabiilsus sõltub riist- ja tarkvara kahekordsest hooldusest. Kuigi käigukastita ülekandestruktuur lihtsustab mehaanilist keerukust, on siiski vaja regulaarselt kontrollida servomootori tihedust ja sünkroonrihma pinget, et vältida lõtvust ja registreerimishälvet. Juhtimissüsteemi osas on vaja jälgida servomootori parameetreid reaalajas ja kalibreerida registreerimissüsteemi. Pingutusanduri ja vaakumadsorptsiooniseadme tundlikkus mõjutab otseselt materjali ülekannet ning igapäevane puhastamine ja funktsionaalne testimine on hädavajalikud. Pikaajalisel kasutamisel on fleksotrükimasinate kulumaterjalide haldamine sama oluline, näiteks kaabitsa labade ja vananevate tinditorude õigeaegne vahetamine ning seadmete parameetrite regulaarne varundamine andmete anomaaliatega tegelemiseks. Töökoja keskkonna temperatuuri ja niiskuse reguleerimine aitab vähendada materjali deformatsiooni ja elektrostaatilist interferentsi ning optimeerida trükiefekti veelgi. Ainult teaduslike ja süstemaatiliste hooldusstrateegiate abil saavad fleksotrükimasinad jätkuvalt oma suure täpsuse ja suure efektiivsuse eeliseid rakendada, jätkates samal ajal pingutusi struktuurilise optimeerimise ja tehnoloogilise arengu hõlbustamiseks trüki- ja pakendamise tööstusökosüsteemis.